Das FBI ist mit der Aufklärung des Mordes an einer jungen Frau beschäftigt. Die Dame hatte zuletzt an einer Party auf einer Luxusyacht teilgenommen, bei der die mitunter mächtigsten Persönlichkeiten der Welt aufeinandertrafen. Wie die Frau zu der Ehre kam, diesen Ausnahme-Event zu besuchen, ist den Ermittlern ein großes Rätsel. Tatverdächtig in dem Fall ist ein ehemaliger Soldat, den Crosby noch von früher kennt. Das Crossover wird fortgesetzt bei "FBI: Most Wanted" 3x01 ("Der Mann im Hintergrund") und "FBI: International" 1x01 ("Abrechnung").

Ein Hacker mit perfiden Plänen versetzt New York in Angst und Schrecken. Der Täter legt die Stromversorgung in städtischen Krankenhäusern lahm und bringt somit unzählige Menschen in Lebensgefahr. Das FBI-Team gerät unter Druck. Denn auch das Leben von Valentines krankem Sohn, der in einer der betroffenen Kliniken liegt und dort schnellstens operiert werden muss, hängt nun am seidenen Faden.

Das FBI untersucht eine Serie von Bombenanschlägen auf Gebäude der US-amerikanischen Regierung. Ein Verein einiger Soldaten im Ruhestand gerät unter Verdacht, hinter den fragwürdigen Attentaten zu stecken. Isobel und ihr Team hoffen darauf, dass OA Kontakt zu einem seiner einstigen Kameraden beim Militär aufnimmt. Doch etwas hält den Special Agent davon ab, den traumatisierten Kriegsveteranen für die Ermittlungen mit ins Boot zu holen.

Das FBI ist einem Serienkiller auf den Fersen, dessen Opfer allesamt junge Obdachlose sind. Die Stimmung innerhalb des Teams ist währenddessen mehr als angespannt. Tiffany und Scola schaffen es einfach nicht, ihre Meinungsverschiedenheiten beizulegen.

Das FBI-Team ermittelt in einem Entführungsfall. Das Opfer ist eine Frau, die in ihren eigenen vier Wänden von Kidnappern überwältigt worden ist. Die Ermittler nehmen das Eheleben der Dame genauer unter die Lupe, finden jedoch keinerlei Unstimmigkeiten. Im Gegenteil: Die Vermisste und ihren Mann haben viele als absolutes Traumpaar in Erinnerung.

Das FBI ist einem Scharfschützen auf den Fersen, der es auf Ermittler einer speziellen Einheit abgesehen hat. Dabei wird das Team zunehmend vom NYPD unter Druck gesetzt. Tiffany, die einst für die New Yorker Polizeibehörde gearbeitet hat, gerät dabei in eine besondere Stresssituation.

Das FBI-Team fahndet nach einem jungen Mädchen, das aus einer Kinderkrippe entführt wurde. Der Verdacht fällt auf eine gnadenlose Bande aus der Nachbarschaft, mit der die Vermisste noch eine Rechnung offen hat.

Eine Informantin äußert vor dem FBI die Gefahr eines Terroranschlags. Die Dame namens Hannah Thompson verdächtigt ihren Freund, hinter dem geplanten Attentat zu stecken. Hannah ist noch schwer traumatisiert von den grausamen Erlebnissen des 11. September. Sie hatte an diesem Tag ihren Ehemann verloren und kann es einfach nicht fassen, dass ihr neuer Partner der Kopf einer terroristischen Gruppe sein soll.

Jubal und Rina werden auf ihrem Arbeitsweg lebensgefährlich verletzt. Es stellt sich heraus, dass es sich bei dem Angriff auf die beiden um ein Attentat handelt, welches von einem rachsüchtigen Häftling vom Gefängnis aus geplant worden ist. Die Wut des Inhaftierten scheint grenzenlos zu sein und das gesamte FBI-Team gerät in Gefahr.

Bei einer Serie von Raubüberfällen in New York kommen zwei Menschen ums Leben. Das FBI wird eingeschaltet und stellt eine Verbindung zu einem Teenager her, der sich offenbar mit allen Mitteln dagegen wehrt, in einer Pflegefamilie zu landen.

Das Team fahndet nach einer College-Studentin, die in die Fänge eines gnadenlosen Entführers geraten ist. Die Zeit rennt und Jubal nimmt Kontakt mit einem Vater auf, dessen Kind zu den Opfern des gesuchten Verbrechers ist.

Das FBI ist einer Gruppe von Verschwörern auf den Fersen, die unter Verdacht stehen, Attentate gegen die Regierung zu planen. Maggie taucht undercover in einer Bar unter und pirscht sich dafür gefährlich nah an die verbrecherische Bande heran.

OA und sein Team versuchen, den Mord an einem muslimischen College-Studenten und dessen Bruder aufzuklären. Es stellt sich heraus, dass die beiden Opfer unter Verdacht standen, Terroristen zu sein. Der Imam der Moschee, die auch OA einst regelmäßig besucht hat, ist entsetzt und hält das für ein übles Gerücht. Jetzt gilt es für das FBI schnellstmöglich die Wahrheit über den gewaltsamen Tod der beiden jungen Männer herauszufinden.