Pilotfolge. Dr. Temperance Brennan kommt gerade erst aus Guantemala zurück, wo sie half die Leichen aus einem Massengrab zu identifizieren, als sie am Flughafen von einem Mann verfolgt wird. Sie überwältigt ihn, doch es ist ein Homeland Security Agent!

Direkt vor einem viel besuchten Cafe in Washington explodiert ein Fahrzeug samt arabischen Fahrer. Sofort kommt der Verdacht auf, dass es sich dabei um ein terroristisches Selbstmordkommando handelt.

In einer angesehenen Privatschule wird eine stark verweste Leiche erhängt in einem Baum gefunden. Mit Hilfe der Seriennummer eines Ohr-Implantats können Brennan und ihr Team die Leiche identifizieren.

In einem kleinen Städtchen in den Bergen wird ein Schwarzbär tot aufgefunden. Bei seiner Obduktion findet die Tierärztin Denise eine menschliche Hand in seinem Magen. Das FBI und das Jeffersonian Institut werden eingeschaltet.

Booth bittet Brennan, bei der Suche und Identifizierung der Überreste eines sechsjährigen Jungen zu helfen, der in einem örtlichen Park verschwunden ist.

Angela kann Brennan überreden, in eine Diskothek mitzugehen, um mal ordentlich Spaß zu haben. Brennan wehrt sich mit Händen und Füßen, da das nicht ihre Art ist, sich zu amüsieren.

Booth hat vor sieben Jahren einen Mann hinter Gitter gebracht, der des Mordes an einem 17-jährigen Mädchen für schuldig befunden wurde. Nun soll er für sein Verbrechen hingerichtet werden. Doch wenige Stunden vor der Hinrichtung schaltet sich die Anwältin Amy Morton ein, die an die Unschuld des Todeskandidaten glaubt.

Brennans ehemaliger Professor und Liebhaber, Michael Stires, ist wieder in der Stadt, da er ein Angebot des anthropologischen Instituts der Universität bekommen hat. Sein Auftauchen sorgt für die wildesten Spekulationen unter Brennans Kollegen.

Im Jeffersonian Institute steigt die alljährliche Mitarbeiter-Weihnachtsparty. Doch Dr. Brennan hasst nicht nur Partys, sondern auch das Weihnachtsfest und beschliesst, lieber zu arbeiten.

Die Aussenstelle des FBI in Los Angeles benötigt Unterstützung bei der Identifizierung einiger Körperteile, die in der Nähe des Flughafens der Stadt gefunden wurden

FBI-Agent Booth holt Dr. Brennan aus einer Talk-Show, in der sie etwas ungeschickt über ihr neues Buch spricht. Ein neuer Fall erfordert die geniale Kombinationsgabe der Wissenschaftlerin

Eine stark skelettierte Leiche wird in einer dunklen Gasse gefunden. Erst sieht es wie Selbstmord aus, doch Booth bittet Dr. Brennan, vorsichtshalber doch mal einen Blick auf die sterblichen Überreste zu werfen.

Ein Südamerikaner wird bei einer routinemässigen Verkehrskontrolle angehalten. In seinem Kofferraum findet man eine skelettierte Leiche.

Brennan und Zach untersuchen einen Flugzeugabsturz, bei dem einige chinesische Diplomaten und eine Frau getötet wurden. An der Absturzstelle findet Brennan einige Knochenfragmente, die zu keinem der Passagiere gehören. Obwohl Brennan und ihr Team angewiesen wurden, nur an den Leichen der Diplomaten zu arbeiten, versuchen sie, die Identität der zusätzlichen Knochen herauszufinden.

Die sterblichen Überreste des vor sechs Jahren verschwundenen Mafia-Bosses Cugini werden in einem See gefunden. Es sieht alles nach einem Mafia-Mord aus, da die Beinknochen immer noch in einem Betonsockel stecken.

Unter der Stadt befindet sich - noch aus Zeiten des Bürgerkriegs - ein altes unterirdisches Tunnelsystem, in dem eine Leiche gefunden wird.

Während seines Urlaubs wird Angelas Freund vermisst. Als ein Schädel auftaucht, bittet sie Brennan um Hilfe bei der Identifizierung, besorgt, dass es ihr Freund sein könnte.

Einer Legende zufolge soll der Pirat Blackbeard seinen Schatz auf einer vorgelagerten Insel vergraben haben. Doch statt eines Schatzes wird eines Tages der Taucher Ted Macy tot aufgefunden

Brennan befindet sich während ihres Urlaubs in New Orleans, um bei der Identifikation der Opfer des Hurrikans Katrina zu helfen. Dabei untersucht sie auch ein Opfer, das jedoch durch Menschenhand starb. Kurz nach dieser Entdeckung verliert die Wissenschaftlerin auf rätselhafte Weise ihr Gedächtnis und wird von der örtlichen Polizei unter Mordverdacht gestellt. (RTL Crime)

Die Tochter des FBI-Direktors Cullen ist an einer seltenen Krebsart erkrankt. Brennan wundert sich, dass so ein junges Mädchen ohne Fremdeinwirkung an dieser Krankheit erkrankt und bittet Cullen, die Krankenakte einsehen zu dürfen. Sie stellt fest, dass Amy vor einem Jahr ein Knochentransplantat nach einem Snowboard-Unfall erhalten hat. Weitere Tests ergeben, dass das Transplantat nicht sauber war. (RTL Crime)

Brennan und Booth untersuchen einen offensichtlichen Selbstmord auf dem Arlington National Friedhof. Sie stellen jedoch bald fest, dass es sich um einen Mord handelt, der mit einer militärischen Vertuschung verbunden ist.

Brennan erhält einige Knochen zur Identifizierung. Sie ist fassungslos als sie entdeckt, dass die Überreste die ihrer Mutter sind.