Dylan Hunt es traicionado por su primer oficial cuando las manadas nietzscheano traicionan a la Mancomunidad de sistemas. Varados en el horizonte de un agujero negro, Dylan es congelado en el tiempo hasta que un equipo de salvamento probar y reclamar el Andromeda.

Tras duros enfrentamientos, el capitán Hunt convence a la tripulación del Eureka Meru para unir fuerzas y que estos se conviertan en la nueva tripulación de la Andromeda Ascendant. El primer desafío al que deben hacer frente juntos es a las intenciones de Tyr Anasazi de hacerse con la nave, y sobre todo a su fiereza como guerrero Nietchean. A ello se unirá el deseo de Hunt por restaurar el anterior orden global de la galaxia: LA MANCOMUNIDAD.

La nave Andrómeda, con el capitán Dylan Hunt y toda su tripulación a bordo, visitan un lugar donde pueden repostar armas y combustible. Allí descubren a un grupo de niños, descendientes de los originales pobladores de la base, que están intentando sobrevivir desde la caída de la Mancomunidad, régimen al que pertenecía el capitán.

La nave Andrómeda es atacada por otro misterioso vehículo mientras el capitán Dylan Hunt y el resto de la tripulación investigan lo qué parece el ataque a una nave de apoyo médico. La extrema situación termina llevando a un enfrentamiento entre Beka, Tyr y Dylan por ver quién lleva el liderazgo del Andrómeda..

El capitán Dylan Hunt debe salvar a la nave Andromeda de los peligrosos Nietzschanos, que están intentando convencer a Tyr para que les ayude a destruir la nave y para que vuelva, junto a ellos, a la salvaje vida que llevaba en el pasado. Lo más tentador para el miembro de la tripulación del Andromeda es que esta nueva vida incluiría una esposa.

Dylan se enfrenta a una difícil decisión cuando la nave Andromeda regresa en el tiempo a unos días antes de que estallara la decisiva batalla entre los revolucionarios Nietzscheanos y el anterior gobierno de la galaxia, y que acabó con la derrota y la destrucción de este último. El capitán Hunt se plantea si debe o no participar activamente en el combate.

El hermano de Beka, un experto en estafas que no tiene escrúpulos y al que ni siquiera le preocupa poner en peligro a los miembros de su propia familia, coloca en un grave riesgo a la nave Andromeda y a toda su tripulación, convirtiéndolos en los principales objetivos de un ataque del ejército Restoriano, después de llevar a cabo uno de sus planes.

Después de un largo periodo de tiempo, con trescientos años separándolos y un agujero negro como obstáculo principal interponiéndose entre ambos, el capitán Dylan Hunt logra reunirse con Sara, su prometida en el pasado.

Después de que la comunicación con la tripulación del Eureka Maru se interrumpa por completo, Dylan Hunt y Rommie se ven obligados a permanecer en un planeta-prisión y a hacerse amigos de los presos que están allí recluidos.

Tyr es acusado de asesinar a un anti-nietzscheano que estaba en la nave Andrómeda para firmar un tratado de paz con el capitán Dylan Hunt. Pero pronto se descubre que cualquier tripulante de la nave puede haber sido el asesino.

Beka Valentine recibe en la nave Andrómeda una llamada de su querido tío Sid. Pronto queda decepcionada cuando descubre que la persona a quién admiraba se ha convertido en un ambicioso hombre de negocios.

La nave Andrómeda encuentra a su nave hermana, la Pax Magellanic, gravemente dañada. Cuando la tripulación del Andrómeda comienza a investigar qué le ha pasado llega a conclusiones que ponen en peligro a todos.

Después de haberse estrellado en un planeta extraño e inexplorado, Tyr sufre una pérdida total de memoria y recibe un misterioso regalo para protegerse de unos agresivos nietzchienianos que le persiguen por el lugar.

De forma súbita, Harper recibe una avalancha de datos que le produce una sobrecarga. Investigando, descubre la causa: un Perseid gravemente herido le ha transferido toda esa información antes de morir.

El capitán de la nave Andrómeda, Dylan Hunt, es capturado y forzado a admitir que mató al líder de los Mobius, sumiendo a esta población en el caos durante los trescientos años que estuvo desaparecido viajando en el tiempo.

Un robot humanoide visita a la tripulación del Andrómeda, y les ayuda a combatir a una cultura de máquinas organizadas que quiere apoderarse de la nave. Sólo así puede comprender lo qué significa ser humano.

Trance, Harper y su nuevo empleado Gerentex, pícaros galácticos de poco fiar y sin oficio ni beneficio tienen que hacer un particular equipo, en contra de su voluntad, para buscar un valioso artefacto.

Rev Bem recibe una llamada de un amigo que necesita su ayuda. Este le suplica que le ayude a salvar el lugar donde vive, Serendipity, que sabe que va a ser invadido por despiadados traficantes de esclavos.

Un matrimonio acordado entre dos nietszchenianos rivales pone a la nave Andrómeda y a toda su tripulación en peligro cuando el capitán Dylan Hunt accede a servir como medio de transporte para la novia.

Rommie se enamora del único superviviente de la destrucción total de una nave: un androide, que poco después traiciona al tripulante del Andrómeda y se convierte en un enemigo letal que pone en peligro a todos, pues sirve en realidad a la nave de guerra Juicio Equilibrado.

Beka pone en serio peligro a toda la tripulación de la nave Andrómeda cuando consume una droga que altera la percepción. El motivo es una dura misión de pilotaje que podría llevar a Dylan de vuelta a su hogar.

La memoria de la nave Andrómeda, con todos los datos de su tripulación actual, es alterada accidentalmente por Harper, cuando activa una copia de seguridad de la misma, desatando así a una antigua y peligrosa personalidad del sistema informático.