Près d'un siècle après une apocalypse nucléaire, cent jeunes prisonniers d'une station spatiale vieillissante sont envoyés sur Terre pour y tester les conditions de vie.

Après avoir découvert que Jasper pourrait être toujours vivant, Clarke, Bellamy, Octavia, Finn et Monty se lancent dans une mission pour tenter de le retrouver.

L'apparition d'un nuage toxique compromet une mission visant à trouver un remède au mal de Jasper. Clarke découvre la vérité au sujet de la trahison de son père.

Un décès choquant rapproche Clarke et Finn. Bellamy tente d'empêcher le groupe de se disputer. Abby prend un risque démesuré.

Après avoir révélé le plan de Kane visant à réduire la population sur l'Arche, Abby et Jaha découvrent qu'au moins une partie des 100 pourrait être toujours en vie.

Bellamy et son équipe s'aventurent chez les Natifs à la recherche d'Octavia. De son côté, Raven remarque le lien profond unissant Finn et Clarke.

Abby vient en aide à Clarke lors d'une opération dangereuse, pendant que Diana Sydney la remplace au poste de Chancelier. Kane reste tourmenté par sa récente décision.

Sous l'effet d'un hallucinogène, une partie des 100 perd le sens des réalités. Alors que l'un d'entre eux a pour mission de tuer, la trahison de Diana est mise au jour.

Clarke et Finn tentent de négocier la paix avec les Natifs, tandis que d'autres se préparent au combat. Les célébrations du Jour de l'Unité tournent à la tragédie.

Chacun à leur manière, Clarke et Bellamy font face au retour de John Murphy qui affirme avoir été retenu en otage par les Natifs.

Clarke et Finn organisent une expédition de ravitaillement. Raven fait une proposition alléchante à Bellamy. Kane met sa vie en péril et retrouve Jaha et Abby.

Clarke et Finn affrontent un nouvel ennemi et Bellamy agit en héros pour venir en aide à Jasper. Pendant ce temps, les habitants de l'Arche font face à l'inévitable.

Alors que le conflit s'aggrave, Clarke supplie Bellamy de prendre les bonnes décisions. Octavia fait un choix difficile. Raven et Jasper luttent contre le temps.