Während Iruka durch das zerstörte Konohagakure läuft, schwelgt er in Erinnerungen. Er denkt darüber nach, wie er vom Dritten Hokage überredet wurde, Narutos Lehrer zu werden. Zunächst war Iruka nicht begeistert von dieser Aufgabe. Er wusste nicht, wie er mit dem Jungen und dessen unzähligen Streichen umgehen sollte.

Iruka denkt immer noch an die gemeinsame Vergangenheit mit Naruto zurück. Damals wurde Naruto aufgrund des Kyuubi in ihm, von den Bewohnern des Dorfes gemieden. Auch Iruka, hatte ein gespaltenes Verhältnis zu dem Jungen. Irukas Traumberuf war schon immer, der eines Lehrers an der Ninja-Akademie. Doch als er Naruto als Schüler bekam, wollte er diesen fast an den Nagel hängen.

Um endlich in einer Clique aufgenommen zu werden, muss sich Naruto einer Mutprobe stellen. Er begibt sich in die nahegelegenen Hügel, wo der Körper eines feindlichen Ninjas liegen soll. Von dort soll er einen Beweis mitbringen und diesen infolge zu Hibachi bringen. Als er ein Messer mit einem Zettel am Griff findet, ist dass Beweis genug, dass er am Austragungsort des Kampfes war.

Nach Pains Angriff auf Konoha, liegt Tsunade immer noch im Koma. Ihr alter Rivale Danzō Shimura, fordert daraufhin die Ernennung eines neuen Hokage. Obwohl Shikaku mit allen Mitteln versucht die Abstimmung zu verhindern, entscheidet der Feudalherr gemeinsam mit den Ministern und den Jonin, Danzō als neuen, sechsten Hokage einzusetzen.

Nachdem Konoha von Pain völlig zerstört wurde, versuchen die Bewohner das Dorf wieder aufzubauen. Dabei wendet Yamato sein Holz-Jutsu an, um somit einige Häuser wieder zu errichten. Zu Narutos Überraschung tauchen Inari und Tazuna auf. Die Tischler kommen aus dem Land der Wellen, um sich für Narutos geleistete Hilfe zu revanchieren.

Als Team 7 bei einer früheren Mission ein Nachtlager suchten, trafen sie auf Tsukado. Dieser befand sich auf einem Rachefeldzug, nachdem ein Mitglied seines Clans von Kageki getötet wurde. Naruto erklärt sich bereit, Tsukado zu unterrichten. Nach dem Training stellte sich Tsukado im Kampf gegen Kageki. Wie sich herausstellte, verbarg sich hinter der Identität des Kageki, sein Bruder Katazu.

Die Dörfer Sunagakure und Konohagakure schlossen vor langer Zeit ein Friedensabkommen ab. Als es an der gemeinsamen Grenze zu Unruhen kam, schickten beide Dörfer Ninja los, um nach dem Rechten zu sehen. Die Abgesandten aus Sunagakure, vertrauten ihrem Teammitglied Gaara nicht. Deswegen schickten sie zusätzlich Ninja hinterher, um Gaara bei der erstbesten Möglichkeit gefangen zu nehmen.

Nachdem Naruto auffällig geniest hat, erinnert sich Sakura an eine vergangene Epidemie zurück. In jenen Tagen kam der Verdacht auf, dass das Chakra-Virus im Dorf Einzug gefunden hätte. Durch diesen Virus, können Shinobi nicht mehr ihr Jutsu anwenden und somit auch ihre Kräfte im Kampf nicht mehr einsetzen. Auch Tsunade glaubt an einen Ausbruch der Krankheit und lässt das Dorf evakuieren …

Neji und Tenten sind auf dem Weg zu einer Waffenschmiede außerhalb des Dorfes. Vor zwei Jahren war Tenten schon einmal bei Lou, dem Waffenschmied. Damals war sie zunächst sehr enttäuscht, denn sämtliche Waffen, waren nicht zu gebrauchen. Kurz darauf waren Lou und sein Assistent Shoseki nicht mehr anzutreffen. Tentens Team entdeckte eine Geheimkammer mit den ultimativen Waffen.

Kondoru, ein sprechender Strauß aus Konohagakure, erzählt seinen Kindern vom ersten Aufeinandertreffen mit Naruto. Kondoru war einst ein Haustier, wollte aber ein Ninja-Strauß werden. Er brachte sich selbst Nin-Jutsu bei und begab sich daraufhin in das Trainingsgelände „Null". Kotetsu, Lee, Naruto und Shino erhielten von Tsunade den Auftrag, den entlaufenen Strauß wieder einzufangen.

Während der Chūnin-Auswahlprüfung wurde Lee schwer verletzt. Damals konnte Tsunade ihm durch eine Operation das Leben retten. Jetzt kann sich Lee revanchieren, indem er Tsunade, welche immer noch im Koma liegt, eine seltene Medizin bringt. Die Medizin wird aus der Jofuku-Blume hergestellt. Diese kann nur am Fuße des Jofuku-Berges gepflückt werden.

Als Naruto mit Jiraiya auf Trainingsreise war, wollte ihm Jiraiya beibringen, wie man ein Gen-Jutsu erkennt und dieses auflösen kann. Jiraiya möchte, dass sein Schüler diese Technik erlernt, denn sollte Naruto Sasuke, welcher ein Meister im Erstellen von Gen-Jutsu ist, zurückbringen wollen, muss Naruto diese Technik beherrschen.

Jiraiya und Naruto kamen vor langer Zeit zu Trainingszwecken in ein Dorf. Jedoch zwangen die Dorfbewohner sie zur Umkehr. Um herauszufinden, was in diesem Dorf vor sich geht, gab sich Naruto als ein Bewohner aus, welcher Jiraiya gefangen genommen hat. Sie brachten in Erfahrung, dass Kandachi die Herrschaft übernommen hatte. Es dauerte nicht lange und sie mussten sich einem Kampf stellen.

Als Sasuke noch klein war, dachte sich sein Bruder Itachi ein Spiel für ihn aus. Hierfür musste Sasuke Katzen einfangen und von diesen Pfotenabdrücke nehmen. So kamen mit der Zeit viele Abdrücke zusammen, welche die Katzenoma Nekobaa in einer Pfoten-Enzyklopädie sammelte. Um diese zu vervollständigen, schickte sie Sakura, Sasuke und Naruto los, einen Abdruck des Katzenbosses zu besorgen.

Naruto wurde vom Hokage beauftragt, gemeinsam mit dem Teamführer Hayame und Tekune die Grenze des Reiches vor Eindringlingen zu schützen. Ein weiteres Teammitglied war der alte Kosuke, welcher bereits seit 50 Jahren Genin war. Besonders Hayame schätzte ihn Wert, denn er erhoffte sich, aus der Erfahrung des alten Ninja, zu lernen und Vorteile daraus ziehen zu können.

Nach einer Mission wurden die jungen Ninja von Team 7 Zeuge, wie Mitglieder der ANBU eine Gefangene nach Konohagakure brachten. Diese war eine Spionin, die Informationen über Konohagakure und das Reich des Feuers sammeln sollte. Aufgrund einer Amnesie der Frau wurde der Dritte Hokage zu Rate gezogen. Dieser konnte in die Gedanken der Frau eindringen und sah eine Erinnerung an den jungen Kakashi.

Konohamaru, Moegi und Udon wollen einen Artikel für ihre Schülerzeitung verfassen. Thema sollen die Helden von Konoha sein, speziell ihr Lieblingsheld Naruto. Neji, welcher zahlreiche Missionen mit Naruto absolvierte, soll dabei, ihre Hauptinformationsquelle sein. Neji erzählt über ein Ereignis während der Chūnin-Auswahlprüfung. Damals wurde Hinata von zwei konkurrierenden Ninja entführt.

In dem zerstörten Konohagakure wurden zahlreiche Fotos gefunden. Shikamaru und Shiho sortieren sie und versuchen im Anschluss die Besitzer ausfindig zu machen. Dabei fällt Naruto ein Foto einer Tulpe in die Hände, welches ihn an ein Ereignis erinnert. Vor langer Zeit fiel er in eine Felsspalte. Während des Falls riss er ein Siegel ab, wodurch ein eingeschlossener Geist freigelassen wurde.

Kakashi und seine Schützlinge wurden vor einigen Jahren beauftragt, den von Dieben gestohlenen Schatz der Schwester des Feudalherren zurückzuholen. Schon kurz nach Beginn der Mission, ging so Einiges schief. Den Dieben gelang es zunächst Sakura gefangen zu nehmen und zwischen Sasuke und Naruto buchstäblich eine unzertrennliche Verbindung zu erschaffen.

Viele Jahre lang wurden die Ernteerträge eines Dorfes von Banditen gestohlen. Die Teams von Kakashi und Asuma wurden beauftragt, den Banditen das Handwerk zu legen. Das Versteck der Banditen war eine natürliche Festung, welche sich tief ins Innnere eines Berges verzweigte. Die Teamführer sahen in Shikamaru großes taktisches Potential schlummern.

Eines Tages kam ein Mädchen zu Tsunade und bat um Geleitschutz in das Dorf Shizume. Dort sollte das Mädchen einen Auftrag erfüllen. Da sie ein Auge auf Sasuke geworfen hatte, wollte sie am liebsten, dass er ihr Beschützer ist. Allerdings befand sich Sasuke auf einer anderen Mission und so wurden Sakura und Naruto eingeteilt. Allerdings weigerte sich das Mädchen mit den zwei Ninja zu gehen.